Der Erfassungsgrad des EKN liegt seit einigen Jahren bei über 90 Prozent. Ab einer Vollzähligkeit von 90 Prozent gelten die Daten nach internationalen Regeln als aussagekräftig und lassen sich für wissenschaftliche Studien nutzen.
Auch von externen Forschungseinrichtungen erhält das EKN Datenanfragen. Jede Datennutzung erhöht dabei die Qualität des Krebsregister-Datenbestandes, da vor jeder Datenübermittlung in der Regel eine zusätzliche Qualitätssicherung der angefragten Daten erfolgt.
Das EKN führte von 2014 – 2024 ein gemeindebezogenes Krebs-Monitoring in Niedersachsen durch. Ab 2025 wurde dieses in den kleinräumigen Krebsatlas des EKN integriert.
Das qualitätsgesicherte Mammographie-Screening-Programm (MSP) wurde in den Jahren 2005-2008 flächendeckend in Deutschland implementiert. Seit 2005 ist das EKN an der Evaluation des MSP beteiligt.
Das EKN kooperiert auf nationaler und internationaler Ebene mit verschiedenen Institutionen und stellt Daten zur Verfügung
Epidemiologische und dokumentarische Fragestellungen, zu denen das EKN Auswertungen erstellt und auf Tagungen präsentiert hat.